Esta nueva edición de Sobre la esencia incorpora como principal novedad un apéndice con las anotaciones de Xavier Zubiri a su propio ejemplar de la primera edición (1962), conservado en su biblioteca personal. Se trata de indicaciones de Zubiri en el mismo texto y de fichas manuscritas, añadidas al libro, en las que Zubiri iba matizando, corrigiendo e interpretando su propio pensamiento. Estas anotaciones hacen ahora posible entrever el modo en que la reflexión filosófica posterior de Zubiri, que culminaría en la trilogía sobre la Inteligencia sentiente (1980-1983), hubiera podido afectar a algunos de los contenidos de Sobre la esencia.